Квалифицированными составами преступления являются: совершение деяния группой лиц по предварительному сговору; должностным лицом с использованием своего служебного положения (в данном случае речь идет о специальном субъекте, признаки которого определены в ст. 285 УК РФ); в отношении наркотических средств, психотропных веществ или их аналогов, растений, содержащих наркотические средства, психотропные вещества, либо их частей, содержащих наркотические средства или психотропные вещества, в значительном размере, который определяется Правительством РФ.
Часть 3 ст. 229.1 УК РФ предусматривает особо квалифицирующий признак - совершение данных действий в отношении наркотических средств, психотропных веществ, их прекурсоров или аналогов, растений, содержащих наркотические средства, психотропные вещества или их прекурсоры, либо их частей, содержащих наркотические средства, психотропные вещества или их прекурсоры, в крупном размере (см. комментарий к ст. ст. 228, 228.1, 228.2, 228.3 УК РФ).
Часть 4 ст. 229.1 УК РФ предусматривает три особо квалифицирующих признака: совершение контрабанды организованной группой; в отношении наркотических средств, психотропных веществ, их прекурсоров или аналогов, растений, содержащих наркотические средства, психотропные вещества или их прекурсоры, либо их частей, содержащих наркотические средства, психотропные вещества или их прекурсоры, в особо крупном размере; с применением насилия к лицу, осуществляющему таможенный или пограничный контроль.